Les efforts de gestion portent sur le rétablissement des équilibres naturels, l'alevinage et la mise en place de frayères.   

Des inventaires ont été réalisés pour faire le point sur les peuplements et adapter la gestion. Plusieurs ont été réalisés entre 2002 et 2005 sur le Drouvenant, et le Hérisson. 

L’inventaire réalisé dans le Drouvenant en amont et en aval de la station d’épuration de Clairvaux-les-Lacs fait apparaître un peuplement plutôt satisfaisant, quoique légèrement inférieur au potentiel naturel (classe d’abondance 4 pour la truite fario, score ichtyologique 16,1/20). Encourageant si on le compare à d’autres cours d’eau, ce résultat incite toutefois à la vigilance. La note de 16,1/20 dénote en effet une dégradation du milieu confirmée par les mesures de la qualité de l’eau (méthode de l’IBGN, qui donne une note de 16/20 seulement). A noter l’apparition d’un intrus : l’écrevisse de Californie. Cette grosse écrevisse, dont la chair est de bonne qualité, se capture heureusement assez facilement avec des balances garnies de restes de poisson.

L’inventaire du Hérisson  montre que les alevinages n’ont pas donné les résultats escomptés : peu de truites en effet malgré d’excellents habitats. En cause : une température d’eau excessive et peut-être d’autres atteintes au milieu qui restent à déterminer. Des recherches sont en cours.

Le grand lac de Clairvaux est l’objet d’une attention particulière : stabilisation du niveau grâce à une vanne automatique mise  en place sur l’exutoire par la commune de Clairvaux-les-Lacs ; installation de frayères flottantes pour brochets (cadres métalliques avec branches d’épicéas) et de buissons immergés pour les perches ; inventaire piscicole complété par une étude de la macrofaune benthique et recherche de toxiques dans les sédiments, les bivalves et les poissons.

Nous ne disposons pas encore de tous les résultats. La macrofaune benthique semble indiquer une amélioration de l’état du plan d’eau (des espèces plus nombreuses, notamment sur les bordures). L’inventaire piscicole a montré la présence de l’écrevisse américaine et de quatorze espèces de poissons : ablette, brême bordelière, brême commune, brochet, chevesne, corégone, gardon, gremille, perche rotengle, carassin, tanche, carpe, truite fario et truite arc-en-ciel. 
 
 Alevinages prévus en 2006 : retenue de Vouglans : 750 kg de carpes  et 20 000 alevins de corégones

• grand lac de Clairvaux : 30 000 alevins de corégones ; à noter que 2000 truites arc-en-ciel d’une taille légèrement inférieure à la maille ont été déversées en septembre 2005 en prévision de l’ouverture 2006
• lac de Bonlieu : 10 000 alevins de corégones
• rivières : 180 000 truitelles  déversées en plusieurs étapes entre mars et juin

  Truites surdensitaires 2006 :

500 kg déversés quelques jours avant l’ouverture dans le Drouvenant, la  Sirène, la Cimante et le Hérisson 
 
 L’année 2005 a été marquée par une collaboration fructueuse avec la Maison Nationale de l’Eau et de la Pêche d’Ornans (Doubs), dont les stagiaires ont séjourné à Clairvaux pendant deux semaines. Les stagiaires seront de retour en 2006 et prendront en charge deux séances de l’école de pêche. Ils participeront à la Fête de la Pêche et de l’Eau, qui aura lieu les 27 et 28 mai sur les bords du grand lac de Clairvaux et de son exutoire, la Raillette.

  Défense du milieu aquatique.

Soutenue par plusieurs associations (La Gaule Lédonienne, La Truite de l’Ain, La Biennoise, La Gaule Moirantine et Les Amis du Lac de Vouglans), l’AAPPMA a saisi le tribunal administratif de Besançon pour obtenir l’annulation de la déclaration de travaux et du permis de construire du port de La Saisse, sur la retenue de Vouglans. Ce port de plaisance détruit un site de pêche et porte gravement atteinte à une zone de reproduction du sandre et de la truite de lac. Le permis de construire a été délivré malgré une notice d’impact indigente, qui ne mentionne pas, comme le prévoit pourtant la loi, les travaux prévus dans le plan d’eau et leurs conséquences sur la faune aquatique. Une partie des travaux ayant même été réalisée en violation du code de l’environnement (défaut d’autorisation), une plainte a été également déposée.
Le tribunal administratif a rendu son jugement à l’automne 2005 : annulation de la déclaration de travaux et condamnation de l’Etat à verser 750 euros à l’association, mais rejet de la demande d’annulation du permis de construire algré les conclusions du commissaire du gouvernement, qui avait demandé une annulation partielle. L’association a décidé de faire appel.  
La plainte n’a pas encore débouché sur des poursuites, mais l’association suit attentivement le dossier et va faire le nécessaire pour que la situation se débloque en 2006.

  Projet de SAGE. L’association, en collaboration avec Les Amis de la Rivière d’Ain et de nombreuses AAPPMA, a soutenu une demande de Schéma d’Aménagement et de Gestion de l’Eau (SAGE) sur la haute vallée de l’Ain.. Cette action s’est révélée fructueuse, puisque le projet est désormais lancé.